长崎大学前身始于1857年荷兰海军军医Pompe von Meerdervoort开办的医学传习所。1901年设立长崎医学专门学校,1923年成为长崎医科大学。
1874年，明治政府设立小学教则讲习所，开始了师范教育。此后，1878年演变为长崎县师范学校，到1943年成为长崎师范学校。1905年设立的长崎高等商业学校到1944年成为长崎经济专门学校。药学部始于1890年设立的第五高等中学医学部药学科，1923年成为长崎医科大学的附属药学专门部。水产学部则始于1921年在长崎师范学校里设立的长崎县实业补习学校教员培训所，到1944年成为长崎青年师范学校。
学校沿革
1949年新制长崎大学设置（学艺学部、经济学部、医学部、药学部、水产学部等五学部）
1951年商业短期大学部设立
1966年工学部设立
1966年学艺学部改称教育学部长崎大学1979年齿学部设立
1984年医疗技术短期大学部设立
1984年商业短期大学部改称商科短期大学部
1997年环境科学部设立
2000年商科短期大学部废止
2004年根据国立大学法人法，改为国立大学法人
