学部
教育学部
経済学部
医学部
歯学部
薬学部
工学部
环境科学部
水产学部
医疗技术短期大学部(因为改组为四年制医学部保健学科，2002年度以后停止招生）
大学院
教育学研究科
教职实践专业（专业学位课程，教职大学院）
教科实践专业（修士课程）
经济学研究科（博士前期课程·博士后期课程）
工学研究科（2011年（平成23年）度比生产科学研究科从改组）
综合工学专业（博士前期课程）
生产系统工程专业（博士后期课程）
绿色系统创建科学专业（5年一贯博士课程）
水产·环境科学综合研究科（2011年（平成23年）度比生产科学研究科从改组）
水产学专业（博士前期课程）
环境保全设计专业（博士前期课程）
环境共生政策学专攻（博士前期课程）
海洋环境资源学专攻（博士后期课程）
海洋场生命科学专业（5年一贯博士课程）
医齿药学综合研究科
修士课程
热带医学专业
保健学专业
生命科学专业药
博士课程
医疗科学专攻
新兴感染症病情控制学系专业
放射线医学科学专攻
博士后期课程
生命科学专业药
国际健康开发研究科（修士课程）
国际健康开发专业
附直研究所
长崎大学热带医学研究所（坂本，通称：热研）
