长崎大学把教育和研究两方面争创世界一流作为目标，推进战略性教育研究计划，谋求教育与研究的进一步高度化与个性化。在「学生顾客主义」的标语下，充实基础教育、学部专业教育、大学院教育以提供最高水平的教育,同时在入学选拔、课外活动、就职等涉及学生生活的各方面进一步强化支援体制。 进行知识产权的适当管理，通过灵活运作知识产权与人、物资源的地域联合、产学官联合、国际性联合，推进教育与研究成果回归社会。
1923年成为长崎医科大学的同时，县立长崎医院被国家托付给长崎医科大学而成为了它的附属医院。另外，与医科大学同时设立的还有附属医学专门部以及附属药学专门部，此外，还开设了附属医院妇产护士培训所。
